如果RTO焚燒爐運行管理不善，車間廢氣處理控制不好，往往造成運行能耗大、成本高，企業往往因過高的成本而停止運行，僅僅當作形象工程。 RTO焚燒爐的運行能耗主要是電和燃料。一旦設備定型了，電耗基本恒定，風機可采用變頻控制省電，這里不做討論，主要討論燃料問題。因廢氣量不穩定、濃度不穩定，加上車間廢氣控制不好，所以在啟動及運行過程中，需要經常補充燃料(常用柴油、天然氣)以維持燃燒室溫度。
燃料消耗多少，關鍵取決于蓄熱陶瓷的蓄熱能力，通常以能夠維持正常運行而不需補充燃料所需的最低VOC濃度來衡量能耗高低。此數值越低，則能耗越低。性能超好的RTO焚燒爐此數值可達450×10-6mg/L。另外，能量損耗主要是尾氣帶走的熱量和表面散熱損失，尾氣帶走熱量與廢氣量和進出口溫差相關，尾氣溫度越低、進出口溫差越大，則能耗越低。表面散熱損失體現在箱體表面溫度與環境的溫度差，保溫效果好則溫差小，散熱損失小。當然，能耗還有可能跟局部地方保溫薄弱及高溫氣體泄漏有關。
在企業選擇RTO焚燒爐時，設計廠家的風量及有機物濃度參考值需要綜合考慮，風量選擇過大，VOCs濃度偏小，運行能耗高。風量選擇過小，VOCs濃度偏大，容易在爐膛發生回火、閃爆等安全事故，且高濃度有機廢氣在輸送過程中也容易因靜電等發生爆炸事故。因此，設計時應適當放大風量，降低安全風險。還可以采用變頻控制等手段，根據生產情況調節風機風量，以降低能耗。 在運行過程中，應優化控制手段，在廢氣進爐膛前，盡可能除掉入口噴淋塔帶來的水分，減少水分汽化所需熱量;同時，還應優化進出風時間、保持燃燒室溫度、加強閥門密封度等，還可在進氣風管采用計量泵與蒸發器組合的方式，人為控制一些不可套用的廢溶劑的蒸發，在廢氣VOC較低時提高VOC濃度，以達到不使用燃料就能維持正常燃燒的目的，從而減少燃料消耗。一般來說，維持正常運行對VOC濃度的要求遠低于其爆炸下限，還可根據爐膛溫度隨時調整或關閉廢溶劑的蒸發，所以其安全風險是可控的。
